W jaki sposób hicv i powiązane są ze sobą?

Hi-C i techniki pokrewne to grupa metod wychwytywania konformacji chromosomów stosowanych do badania przestrzennej organizacji genomu.

Techniki te mierzą częstotliwość interakcji fizycznych między różnymi regionami genomu, zapewniając wgląd w strukturę chromatyny wyższego rzędu i interakcje regulacyjne dalekiego zasięgu. Oto kilka powszechnie stosowanych technik Hi-C i pokrewnych:

1. Hi-C (wysokoprzepustowe przechwytywanie konformacji chromatyny):

Jest to oryginalna i najczęściej stosowana technika Hi-C. Polega na sieciowaniu oddziałujących ze sobą segmentów chromatyny, fragmentacji DNA, a następnie ligacji fragmentów DNA. Zligowane fragmenty są następnie sekwencjonowane, a uzyskane dane wykorzystuje się do wygenerowania mapy interakcji obejmującej cały genom.

2. 5C (przechwytywanie konformacji chromosomu kołowego):

Technika ta jest podobna do Hi-C, ale wykorzystuje inną metodę przygotowania biblioteki, w wyniku której powstają koliste fragmenty DNA. Cyrkularyzacja pozwala na skuteczniejsze wychwytywanie interakcji dalekiego zasięgu i może zapewnić dane o wyższej rozdzielczości w niektórych regionach genomu.

3. ChIA-PET (analiza interakcji chromatyny poprzez sekwencjonowanie znaczników ze sparowanymi końcami):

Technika ta łączy immunoprecypitację chromatyny (ChIP) z Hi-C w celu identyfikacji interakcji dalekiego zasięgu związanych z określonymi białkami lub modyfikacjami histonów. Można go wykorzystać do mapowania interakcji określonych czynników transkrypcyjnych lub innych białek regulatorowych z ich genami docelowymi.

4. PLAC-seq (sekwencjonowanie chromatyny wspomagane ligacją zbliżeniową):

Technika ta wykorzystuje ligację zbliżeniową do wychwytywania oddziałujących fragmentów DNA przed sekwencjonowaniem. Umożliwia wykrywanie interakcji z wyższą rozdzielczością w porównaniu z tradycyjnymi metodami Hi-C i może dostarczyć informacji o orientacji oddziałujących sekwencji.

5. Przechwytuj Hi-C:

Technika ta wykorzystuje biotynylowane sondy RNA w celu wzbogacenia o interakcje pomiędzy określonymi regionami genomowymi będącymi przedmiotem zainteresowania. Projektując sondy ukierunkowane na określone loci, Capture Hi-C umożliwia ukierunkowaną analizę interakcji genomowych w sposób specyficzny dla regionu.

Każda z tych technik dostarcza cennych informacji na temat trójwymiarowej organizacji genomu i przyczyniła się do zrozumienia regulacji genów, dynamiki chromatyny i architektury jądrowej. Wybór techniki często zależy od konkretnego pytania badawczego oraz pożądanego poziomu rozdzielczości i możliwości mapowania.