Rodzaje AutoDock Atom

AutoDock jestplatforma edukacyjne, wykorzystuje znane węgla i interfejs sieci w połączeniu z zastosowaniami wiązania przewidywania szybkości wiązania większości małych cząsteczek. To pozwala studentom uczyć się praktycznie bez konieczności wiązania cząsteczki drogiego czasu laboratoryjne i szkolenia . Elementy

AutoDock obsługuje podstawowe elementy: H, C, N , O, F , Mg, K , S , Cl , Ca , Mn , Fe , Zn , Br i I. Zostały sparametryzowanego w ramach programu w celu rozpoznania ich cechy fizyczne , cechy i reakcje na innych elementach . Te podstawowe elementy mogą być wykorzystane do wytworzenia cząsteczki i testowane z obowiązującą lub rozpuszczalnika. Na przykład,uczeń będzie wskazywać dwie cząsteczki wodoru do jednej cząsteczki tlenu , H2O i będzie mógł przetestować tę cząsteczkę wody na jego szybkości wiązania .
Wiązanie

AutoDock obsługuje różne wiązania lub dokowania chemikaliów i elementy ,nazwa i czy etykieta elementu dokującej powinny być wpisane w interfejsie użytkownika , aby znaleźć i wybrać odpowiedni element. AutoDock zapewnia system narzędzi mających pomóc pogląd , monitorowanie i przyspieszyć proces wiązania . Obejmują krystalografii rentgenowskiej ; oparte na strukturach Drug Design , ołów optymalizacji , badania wirtualny ( HTS ), kombinatorycznej biblioteki konstrukcję , dokowania białko -białko i do badania mechanizmu chemicznego. Pozwalastudentów do pracy z elementami i do łączenia ich w różnych warunkach , tak , że najlepsze i najbardziej dokładne wyniki badań mogą być osiągnięte . Imperium Siatka Mapa

siatki AutoDock lub Siatka Mapa jest używany do parowania i elementy meczu z segregatorów , aby to zrobić,student powinien wpisać nazwę chemiczną elementu w jednym formacie literę , aby znaleźć go na starcie . Elementów na siatce zostały już zbadane i przetestowane , a ich obwody zostały już zdefiniowane . Pozwalastudentowi wystarczy wybrać atom i spoiwo bez konieczności podawania szczegółów . DlategoAutoDock Siatka Mapa umożliwiastudentowi poznać właściwości i obrzeżami atomu podczas testowania jego szybkość wiązania .
Dodawanie elementów

Jeżeliuczeń ma element , które nie zostały jeszcze wprowadzone do systemu AutoDock , może oni go wprowadzić za pomocą pre - obwodowy AutoDock istniejący plik jest z dokładnym szczegółowe informacje na temat atomu w pytaniu . Powinno to być przesłane do AutoDock i kalibrowane , ponownie skalibrowany pod kątem dokładności przed testowaniem . Jednak należy zauważyć , że dodanie elementu wymaga dogłębnej wiedzy o tym, jakelement będzie działać i reagować w czasie procesu klejenia , jak również z innymi atomami . Imperium